隨著三峽工程175米蓄水，三峽水庫(kù)轉(zhuǎn)入后續(xù)管理階段，三峽庫(kù)區(qū)的環(huán)境保護(hù)成為全國(guó)重點(diǎn)流域環(huán)境保護(hù)的重中之重。近年來，重慶市積極探索健全完善三峽庫(kù)區(qū)水環(huán)境保護(hù)長(zhǎng)效機(jī)制，三峽庫(kù)區(qū)環(huán)境保護(hù)工作取得積極成效，庫(kù)區(qū)水質(zhì)經(jīng)受住了蓄水以來的時(shí)間考驗(yàn)。

一是大力推進(jìn)環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)。在國(guó)家的支持下，重慶市生活污染治理項(xiàng)目建設(shè)進(jìn)度加快。到2009年底，全市已累計(jì)建成94個(gè)生活污水處理廠（含分散型小城鎮(zhèn)污水處理廠）和48座垃圾處理場(chǎng)，全市城市生活污水集中處理率和生活垃圾處理無害化處理率分別達(dá)到79%和89%，其中庫(kù)區(qū)已分別達(dá)到84%和94%，遠(yuǎn)高于全國(guó)平均水平。

二是不斷加大庫(kù)區(qū)工業(yè)污染防治力度。制定了《工業(yè)項(xiàng)目環(huán)境準(zhǔn)入規(guī)定》，防止有重大環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)項(xiàng)目進(jìn)入庫(kù)區(qū)，引導(dǎo)工業(yè)企業(yè)向工業(yè)園區(qū)集中，堅(jiān)持集中控制工業(yè)污染、集中防范工業(yè)項(xiàng)目環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)。完成了淹沒工礦企業(yè)搬遷調(diào)整任務(wù)，完成了主城區(qū)66戶企業(yè)環(huán)保搬遷。開展造紙、電鍍、電解錳、碳酸鍶等行業(yè)的專項(xiàng)整治，強(qiáng)化了化工行業(yè)環(huán)境安全檢查。

三是切實(shí)加強(qiáng)庫(kù)區(qū)飲用水源保護(hù)。近年來，重慶市每年都將飲用水源保護(hù)列為市委、市政府“民心工程”，予以重點(diǎn)推進(jìn)。清理了飲用水源保護(hù)區(qū)范圍的所有工業(yè)污染源、市政排污口和餐飲娛樂船，完成了全市500人以上集中式飲用水源保護(hù)區(qū)的劃定工作。禁止在三峽庫(kù)區(qū)水體水域進(jìn)行網(wǎng)箱、網(wǎng)欄養(yǎng)殖，開展了三峽庫(kù)區(qū)水產(chǎn)養(yǎng)殖專項(xiàng)執(zhí)法行動(dòng)。

四是認(rèn)真做好庫(kù)底固體廢物清理和漂浮物清撈。圓滿完成三峽庫(kù)區(qū)二、三、四期庫(kù)底固體廢物的清理，清理處置生活垃圾306萬(wàn)噸，清理處置一般工業(yè)固廢260萬(wàn)噸，清理危險(xiǎn)廢物1.9萬(wàn)噸，清理處置廢放射源18枚。三峽水庫(kù)蓄水以來，我市財(cái)政累計(jì)安排清漂經(jīng)費(fèi)1.46億元，配備31艘機(jī)械化清漂船和27輛垃圾壓縮式運(yùn)輸車，清理漂浮垃圾58萬(wàn)余噸。尤其是三峽工程175米試驗(yàn)性蓄水期間，全市組織了“萬(wàn)人清漂大突擊活動(dòng)”，2個(gè)月清理漂浮物10萬(wàn)余噸，緩解了三峽壩前清漂壓力，確保了庫(kù)區(qū)蓄水的安全和水域的清潔。

五是努力積極推進(jìn)次級(jí)河流污染綜合整治。完成了主城區(qū)桃花溪流域綜合整治工作，水環(huán)境質(zhì)量顯著改善。列入《三峽庫(kù)區(qū)及其上游水污染防治規(guī)劃（修訂本）》（以下簡(jiǎn)稱《規(guī)劃修訂本》）的8條示范項(xiàng)目，有2條（苧溪河和梁灘河）開工建設(shè)，2條（瀨溪河、桃花河）已上報(bào)國(guó)家發(fā)改委審查概算，其余4條正在開展前期工作。

六是扎實(shí)開展庫(kù)區(qū)船舶污染治理。新建造船舶全部安裝了生活污水處理裝置，老船舶分期分批實(shí)施治理。在主城、萬(wàn)州、巫山等主要客運(yùn)港區(qū)設(shè)置了固體垃圾接收船舶，庫(kù)區(qū)30馬力以上的運(yùn)輸船舶按要求配備了油水分離設(shè)備和污油水儲(chǔ)存裝置,約600艘船舶安裝了一體化生化處理裝置。

七是深入開展農(nóng)村面源污染防治。近年來，三峽庫(kù)區(qū)累計(jì)投入4.76億元，發(fā)展農(nóng)村戶用沼氣53.14萬(wàn)戶，庫(kù)區(qū)農(nóng)村戶用沼氣占庫(kù)區(qū)總農(nóng)戶的15.5%，建成畜禽養(yǎng)殖場(chǎng)沼氣工程550處，促進(jìn)畜禽糞污的資源化利用和無害化處理，形成了能源生態(tài)型和能源環(huán)保型等多種養(yǎng)殖場(chǎng)污染治理模式。加強(qiáng)生態(tài)農(nóng)業(yè)建設(shè)，推廣實(shí)施測(cè)土配方施肥，庫(kù)區(qū)生態(tài)農(nóng)業(yè)試點(diǎn)示范區(qū)縣建設(shè)擴(kuò)大到15個(gè)。

八是推進(jìn)實(shí)施消落帶生態(tài)環(huán)境保護(hù)。開展了消落帶環(huán)境問題研究，啟動(dòng)了開縣水位調(diào)節(jié)壩工程、奉節(jié)朱衣河胡家壩消落帶環(huán)境綜合整治工程、巫山小三峽生態(tài)保護(hù)項(xiàng)目、巫溪王家河護(hù)岸工程等一批消落帶生態(tài)環(huán)境保護(hù)試點(diǎn)示范工程，實(shí)施了“三峽庫(kù)區(qū)消落帶生態(tài)恢復(fù)與綜合整治技術(shù)與示范”和“三峽庫(kù)區(qū)水土流失與面源污染控制試驗(yàn)示范”等科技支撐項(xiàng)目，開展了消落區(qū)耐淹植物栽培試驗(yàn)。

三峽工程蓄水以來，庫(kù)區(qū)水環(huán)境質(zhì)量總體保持穩(wěn)定，長(zhǎng)江、嘉陵江和烏江重慶段水質(zhì)滿足Ⅱ類斷面比例逐年上升。今年上半年，長(zhǎng)江、嘉陵江和烏江重慶段8個(gè)國(guó)控監(jiān)測(cè)斷面水質(zhì)、國(guó)控飲用水源地和城鎮(zhèn)集中式飲用水源地水質(zhì)均全部滿足水域功能要求;次級(jí)河流水質(zhì)滿足水域功能要求的斷面比例達(dá)到79.6%；長(zhǎng)江出境斷面水質(zhì)到達(dá)Ⅱ類水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)，庫(kù)區(qū)水質(zhì)經(jīng)受住了蓄水以來的時(shí)間考驗(yàn)。